تواجه عملية التعيين عدة مشكلات تتمثل في المشكلات التالية:


1. زيادة عدد الأفراد الصالحين لشغل الوظائف عن العدد المطلوب وهذا يؤدي إلى صعوبة في عملية التعيين مما قد يؤدي إلى تعيين فرد مع وجود ممن هو أكثر ملائمة.

2. أن تكون سلطة الاختيار النهائي والتوصية بالتعيين بيد إدارة الموارد البشرية فقط دون مشاركة مديري الإدارات المعنية أو العكس، وهذا قد يؤدي إلى تعيين فرد ما في المنظمة مع إمكانية تعيين من هو أكثر كفاءة منه.


3. تظهر مشكلة أخرى في التعيين لا سيَّما في سوريا وهي في مرحلة التوثيق وتتمثل في توقيع الفرد المعيَّن على وثيقة تتضمن طلب استقالة وهي كتهديد من قبل بعض المنظمات يؤدي إلى شعور بعدم الأمان الوظيفي وهذا ما يؤثر على الروح المعنوية للأفراد وبالتالي على الولاء التنظيمي.

4. إن التحيز من قبل بعض المدراء لبعض الأفراد المعيَّنين يؤدي إلى عدم متابعة وتقويم هؤلاء الأفراد خلال فترة التجربة وإصدار تقريراً نهائياً من قبل المدير يبين فيه كفاءة الفرد بالرغم من عدم كفاءته.


5. كما تؤدي بالطبع مشاكل عملية الاستقطاب وعملية الاختيار إلى مشاكل في عملية التعيين مما يؤدي إلى عدم تعيين الشخص المناسب في المكان المناسب وبالتالي وقوع خلل في إدارة الموارد البشرية في المنظمة ككل وهذا ما يؤدي إلى عدم كفاءة وفاعلية العنصر البشري في المنظمة.